跨境电商系统知识产权保护主要涉及以下几个方面：

1. 软件著作权：跨境电商系统作为软件产品，其开发者拥有该软件的著作权。这包括源代码、界面设计、数据库等内容。可通过注册软件著作权来保护开发者的合法权益。

2. 商标权：系统中可能包含企业的商标标识，这些商标标识需要在相关国家和地区的商标局进行注册，以获得法律保护。

3. 专利权：如果系统中有创新的技术解决方案，可以通过申请专利来保护这些技术不被他人模仿或使用。

4. 商业秘密：一些跨境电商系统的独特算法或者商业模式等可能构成商业秘密。企业应采取保密协议、内部保密制度等方式保护商业秘密不被泄露。

5. 许可使用：对于跨境电商系统，如果需要授权给其他企业或个人使用，应当签订许可协议，明确使用范围、期限、权限等，以保护知识产权不受侵犯。

6. 侵权监测与维权：跨境电商系统应具备监测和记录侵权行为的能力，一旦发现侵权行为，应及时采取法律手段维权。

注册跨境电商系统的软件著作权通常遵循以下步骤：

1. 准备材料：

   软件的源代码和目标代码。

   软件操作手册或其他相关文档。

   软件著作权登记申请表。

   申请人身份证明（个人申请需提供身份证复印件，企业申请需提供营业执照复印件）。

2. 填写申请表：

   在中国版权保护中心官方网站上下载并填写软件著作权登记申请表。

3. 提交申请：

   将准备好的材料邮寄至中国版权保护中心软件登记部。

   或者选择在线提交申请，上传相关材料的电子版。

4. 支付费用：

   根据申请的类别和个人/企业身份，支付相应的登记费用。

5. 审查：

   审查员将对提交的材料进行形式审查，确保材料完整、符合规定格式。

6. 登记与公告：

   经过审查合格的软件著作权将被登记，并在中国版权保护中心的官方公告上公布。

7. 领取证书：

   审查通过后，申请人将收到由中国版权保护中心颁发的《软件著作权登记证书》。

8. 注意事项：

   提交的源代码应该具有代表性，能够体现软件的独创性。

   软件名称应避免使用通用词汇或他人的商标名称。

   申请前最好进行一次软件著作权检索，以避免因相同或相似软件已存在而导致申请失败。