供应链系统是一个复杂而又关键的系统，因为从产品开发到生产再到流通，每一个环节都涉及到了多个节点的企业。然而，这些环节和节点在供应链的流程中，经常会出现各种问题和挑战。总的来说，供应链管理所面临的问题和挑战主要是从产品、价格、时间、地点这四个大方向出发。具体可细分为以下几种：

供应链信息流程的不完善性

信息流程是企业内员工、客户和供货商之间的沟通桥梁。沟通的时效性直接影响企业的产品质量及收益。虽然供应链的出现替代了传统的沟通方式，但从电话、传真、甚至是面对面的交谈转变到电子商务的线上互联网信息交流，沟通的方式改变了，但内容的本质并未发生改变。例如：订货预测、库存状态、缺货情况、生产计划、运输安排、在途物资等。然而，很多供应链无法成为企业与供应商之间的有效桥梁，或者说信息处于不完善、断层的状态，无法做到环环相扣。

供应链的不可预测性

随着产品线越来越丰富，客户需求越来越个性化，为满足不同客户的需求，企业需要形成一个复杂的供应链系统。这个系统可能包含全球供应商、分包商、各地工厂、仓库、运输商、客户、代理商、售后服务等环节，组成一个庞大的网络。这个网络的复杂性使得问题难以解决，尤其是当庞大的系统出现问题时，很难快速确定问题出现的环节以及原因。在供应链内部，主要的风险有信息传递错误、采购或物流中断、仓储管理混乱、物料计划紊乱等；而在供应链外部，市场的不确定性、行业和经济的周期性、政策和法律风险以及自然灾害等不可抗风险，都会使供应链受阻或中断。

难以统一内部的管理体系

对于中国企业来说，由于长期处于产业链的低端环节，其在信息的收集和分析能力上有所欠缺。很多中国企业的工厂管理通报都并不完备，即使是行业的领军企业，也只是近几年才消灭了企业内部的信息孤岛，建成了企业内部统一的信息管理体系。但是，距离全面地、有效地管理信息和综合使用信息还有相当的差距。

无法有效地评估和衡量供应链绩效

降低直接采购价格可能会带来运费和库存的增加；引入可视化管理和RFID技术提高了供应链效率，却可能导致设备投资和人力成本的上升；实施零库存管理可能会导致脉冲式订单无法及时交货；投入巨资实施ERP或是供应链管理系统，最终却只能沦为处理订单的中心，无法发挥数据挖掘功能，更无法为决策提供支持。如何确定合理的数据指标是供应链管理中一个最为关键的问题。这包括正确衡量供应链各个环节之间数据产生的依据、不同的职能部门如何就定义和计算某一指标达成一致、多少个供应链管理业绩指标较为合理、如何确定供应链各项数据的基准数字和如何形成有说服力的指标报告等。此外，供应链各个环节的显性成本支出会在年度财务报告中显示出来，而供应链管理所产生的成果多为隐性成本降低，无法准确衡量。

高端管理人才难培养

虽然现在很多公司普遍认同供应链管理并将其提升到战略高度，但要找到真正优秀的高级供应链管理人才却很难。这是因为供应链管理涵盖了采购、物流、信息技术、财务、质量、生产等多个方面，所以很难发现综合能力较强、知识全面的供应链人才。一个优秀的供应链管理人需要在多个领域都有所涉及并且非常了解供应链基础环节的运作。然而，企业通常缺乏让员工进行跨部门工作的机制，而且员工往往也不愿意在不同的职能部门长期轮岗从事基础性的工作。因此，虽然供应链领域有很多专才出现，但最为稀缺的还是综合型管理人才。

相互协作的双赢理念

在传统的企业运营模式中，供销之间互不干涉、各自为政，这种敌对争利的关系导致了系统协调性的差劲。企业和各供应商没有协调一致的计划，每个部门都只关注自己的活动，这影响了整体的最优决策。企业和供应商之间缺乏合作的战略伙伴关系，很多企业往往只考虑自身的短期效益而挑起供应商之间的价格竞争，导致失去了供应商的信任与合作基础。当市场形势好时对经销商态度傲慢，而当形势不好时又企图将损失转嫁给经销商，这导致经销商对其失去了信任与合作意愿。然而在供应链管理的模式下，所有的环节都被看作一个整体，链上的每个企业除了关注自身的利益外还应一同追求整体的竞争力和盈利能力。因为最终客户选择一件产品时，整条供应链上的所有成员都将受益；而如果最终客户没有选择这件产品的话那么整条供应链上的成员都将蒙受损失。可以说合作是供应链与供应链之间竞争的一个关键因素。