农产品跨境电商系统是一个专门为农产品贸易打造的在线交易平台，旨在连接国内外农产品供应商、贸易商和消费者。该系统具有以下特点：

1. 用户管理：为用户提供注册、登录、修改个人信息等功能，便于用户在系统中进行交易。

2. 产品管理：农产品供应商可以发布和管理自己的产品信息，包括产品名称、描述、价格、库存等。

3. 订单管理：用户可以在线下单购买农产品，系统会自动生成订单，包括订单编号、购买产品、数量、金额等信息。

4. 支付管理：用户可以通过多种支付方式（如支付宝、微信支付、银行卡等）进行在线支付，系统会自动处理支付过程并记录支付结果。

5. 物流管理：农产品跨境电商系统会与物流合作伙伴进行数据对接，实时更新订单的物流状态，用户可以随时查看订单的物流信息。

6. 客户服务：为用户提供在线客服功能，解答用户在使用过程中遇到的问题，处理用户投诉等。

7. 数据统计：系统会自动统计农产品的销售数据、用户行为数据等，为商家提供数据分析支持，帮助他们优化产品策略和营销策略。

8. 安全保障：农产品跨境电商系统会采用多种安全措施，确保用户数据的安全，防止数据泄露和黑客攻击。

农产品跨境电商系统的物流管理运作涉及以下几个方面：

1. 仓储管理：农产品跨境电商系统需要与仓储合作伙伴进行数据对接，实时更新库存信息。当用户下单购买产品时，系统会自动检查库存，确保产品有充足的库存可供发货。

2. 配送管理：农产品跨境电商系统需要与物流合作伙伴进行数据对接，将订单的配送信息（如收货地址、联系方式等）同步给物流合作伙伴。物流合作伙伴会根据配送信息安排合适的配送方式，如快递、物流等。

3. 物流跟踪：农产品跨境电商系统会与物流合作伙伴进行数据对接，实时更新订单的物流状态。用户可以随时查看订单的物流信息，了解产品配送的进度。

4. 冷链物流：针对农产品的特点，尤其是生鲜产品，农产品跨境电商系统需要与具备冷链物流能力的合作伙伴进行合作，确保产品在运输过程中保持恒温恒湿的环境，防止产品变质。

5. 包装管理：农产品跨境电商系统需要与包装供应商进行合作，为农产品提供合适的包装方案，确保产品在运输过程中不受损坏。

6. 逆向物流：针对可能出现的退换货情况，农产品跨境电商系统需要与物流合作伙伴共同建立逆向物流体系，方便用户进行退换货操作。

7. 物流数据分析：农产品跨境电商系统会收集和分析物流数据，如配送时间、配送成本、物流投诉等，以优化物流运作，提高客户满意度。

处理跨国纠纷是农产品跨境电商面临的一个挑战。以下是一些建议和方法来解决跨国纠纷：

1. 建立健全纠纷处理机制：农产品跨境电商应建立一套完善的纠纷处理机制，包括明确纠纷处理流程、指定专人负责处理纠纷、制定纠纷处理时限等。这样可以确保在纠纷发生时，能够迅速响应并解决问题。

2. 了解各国法律法规：农产品跨境电商需要了解各国关于电子商务、消费者权益保护、产品质量等方面的法律法规，以便在处理纠纷时能够遵循相关法律规定。

3. 提供充分的购物指导：为避免跨国纠纷，农产品跨境电商应在网站上提供充分的购物指导，包括产品信息、支付方式、配送方式、退换货政策等，确保消费者在购物过程中能够充分了解相关信息。

4. 提高产品质量和售后服务：农产品跨境电商应保证销售的产品符合相关国家的质量标准，并提供优质的售后服务，如退换货服务、维修服务等，以降低纠纷发生的可能性。

5. 建立有效的沟通渠道：农产品跨境电商应建立有效的沟通渠道，如在线客服、电话客服等，以便在纠纷发生时，能够与消费者进行及时沟通，解决问题。

6. 采用第三方争议解决机制：农产品跨境电商可以考虑采用第三方争议解决机制，如在线争议解决平台、仲裁机构等，以便在纠纷无法协商解决时，能够通过第三方机构进行调解或裁决。

7. 加强消费者权益保护：农产品跨境电商应关注消费者权益保护，尊重消费者的知情权、选择权、公平交易权等，以维护消费者的合法权益，减少纠纷的发生。